Năm 1990, Hiệu trưởng Đại học Tổng hợp Thành phố Hồ Chí Minh được bầu trực tiếp theo quyết định của Bộ Giáo dục và Đào tạo Việt Nam.[1] Giáo sư, Tiến sĩ Nguyễn Ngọc Giao, Chủ nhiệm Khoa Vật lý được bầu làm Hiệu trưởng nhiệm kì 1990-1994, sau đó, ông tiếp tục được Bộ Giáo dục và Đào tạo bổ nhiệm lại chức vụ Hiệu trưởng cho đến khi trường giải thể vào năm 1996.[1]